Война потребовала от научного сообщества решения задач, продиктованных военной обстановкой. В Томске уже 27 июня 1941 года был создан Томский комитет ученых, первая подобного рода общественная организация в стране.
Комитет объединил ученых различных областей знаний. В его составе были представители науки Томска и эвакуированных учреждений — вузов, НИИ, техническая интеллигенция заводов.
Председателем Томского комитета ученых стал профессор ТГУ Б.П. Токин, его заместителями — профессора К.Н. Шмаргунов (ТИИ), В.Д. Кузнецов и А.Г. Савиных (ТМИ). В состав комитета вошло 22 человека, в том числе 17 профессоров и 3 доцента, бригадный инженер и секретарь горкома партии. Состав Комитета ученых утверждался решением Томского горкома ВКП(б) и Томского горисполкома. На протяжении войны имела место ротация членов комитета.
Наиболее напряженный этап деятельности пришелся на начальный период Великой Отечественной войны, когда ученые решали насущные задачи Томска и томской оборонной промышленности.
Приоритетным направлением деятельности Комитета была работа по обслуживанию нужд Красной Армии, помощь промышленности, сельскому хозяйству и транспорту; поиск месторождений стратегически важных полезных ископаемых, поиск заменителей дефицитных материалов на основе местных природных ресурсов, внедрение новых лекарств, борьба с распространением инфекций, лечение раненых.
Работа Комитета ученых позволила в короткий срок мобилизовать научные силы, направить их деятельность на решение важнейших военно-хозяйственных проблем.
За научные достижения в годы войны лауреатами Сталинской премии стали 14 ученых Томска. В числе награжденных профессора А.А. Заварзин (1942), В.Д. Кузнецов и М.А. Большанина (1942); А.Г. Савиных (1943), Л.П. Кулев (1943), К.В. Радугин (1943), Н.А. Чинакал (1943), С.П. Сыромятников (1943), Д.А. Жданов (1945), Б.И. Баяндуров (1946); Н.В. Вершинин, Д.Д. Яблоков и В.В. Ревердатто (1947); Б.П. Токин (1950).
Сталинская премия — одна из высших государственных наград в СССР. Присуждалась с 1941 по 1955 гг. Имела 3 степени. Решения о награждении лауреатов оформлялись постановлениями Совета народных комиссаров СССР (СНК СССР; с марта 1946 — Совета Министров СССР), в которых фиксировался календарный год, за который награждался лауреат (награждения, за определёнными исключениями, производились на следующий год).
В это же время томские вузы дали стране более 3 600 врачей, инженеров, педагогов и других специалистов, а техникумы — 1 500 специалистов среднего звена.
В память о Великой войне: растения для выживания